| Lerninhalte |
<p>In diesem Seminar wollen wir uns mit modernen Techniken Modellierung und Simulation komplexer biologischer Systeme beschäftigen.Mögliche Schwerpunkte: Regelbasierte Modellierung, räumliche Simulation, temporale Modelchecker, etc. Neben dem klassischen Studium entsprechender Literatur haben Sie auch die Möglichkeit<br />für praktische Untersuchungen.</p><p>Bei Interesse, bitte <strong>unverbindlich hier anmelden</strong>; wir machen dann einen Termin aus.<br /><br /></p><p><span style="text-decoration: underline; color: #ff0000;"><strong>Themen:</strong></span></p><p>Regelbasierte Modellierung - <strong>Kappa</strong>:</p><ul><li>https://kappalanguage.org/</li><li><div class="gs_citr" tabindex="0">Boutillier, Pierre, et al. "The Kappa platform for rule-based modeling." <em>Bioinformatics</em> 34.13 (2018): i583-i592.</div></li><li><div class="gs_citr" tabindex="0"> </div>Danos, V., Feret, J., Fontana, W., Harmer, R., & Krivine, J. (2007, September). Rule-based modelling of cellular signalling. In <em>International conference on concurrency theory</em> (pp. 17-41). Springer, Berlin, Heidelberg.</li></ul><p> </p><p>Regelbasierte Modellierung - <strong>BioNetGen</strong> & BNGL:</p><ul><li><a href="https://www.csb.pitt.edu/Faculty/Faeder/?page_id=409">https://www.csb.pitt.edu/Faculty/Faeder/?page_id=409</a></li><li><a href="http://vcell.org/bionetgen/">http://vcell.org/bionetgen/</a></li><li>Faeder, J. R., Blinov, M. L., & Hlavacek, W. S. (2009). Rule-based modeling of biochemical systems with BioNetGen. In <em>Systems biology</em> (pp. 113-167). Humana Press.</li></ul><p> </p><p>Regelbasierte Modellierung - <strong>MOD</strong>:</p><ul><li><a href="http://cheminf.imada.sdu.dk/mod/">http://cheminf.imada.sdu.dk/mod/</a></li><li>Jakob L. Andersen, Christoph Flamm, Daniel Merkle, and Peter F. Stadler. <em>Graph Transformation - 9th International Conference, ICGT 2016</em>, 73-88, 201</li></ul><p> </p><p>Regelbasierte Modellierung im Raum - <strong>SRSim</strong>:</p><ul><li>http://www.biosys.uni-jena.de/Members/Gerd+Gruenert/SRSim.html</li><li>Gruenert, G., Ibrahim, B., Lenser, T., Lohel, M., Hinze, T., & Dittrich, P. (2010). Rule-based spatial modeling with diffusing, geometrically constrained molecules. <em>BMC bioinformatics</em>, <em>11</em>(1), 307.</li></ul><p> </p><p><strong>Kappa</strong> und <strong>MOD</strong> bietet auch für <strong>Theorieinteressierte</strong> eine Menge an Stoff.</p><p>Weitere Themen nach Interesse der Teilnehmenden.</p><p> </p><p> </p><p> </p> |
| Zielgruppe |
Fortgeschrittene Studierende (etwa ab dem 5. Semester) der Bioinformatik, Informatik, Computational and Data Science, Molecular Life Science, Biologie, Physik |
