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Name des Moduls [52780] Skriptsprachen in der Bioinformatik (ASQ) Bezeichnung des Moduls FMI-BI0058

Studiengang [221] - Bioinformatik ECTS Punkte 4

Arbeitsaufwand für Selbststudium 60 Häufigkeit des Angebotes (Modulturnus) unregelmäßig, siehe gegebenenfalls zusätzliche Informationen
Arbeitsaufwand in Präsenzstunden 60 Dauer des Moduls 1
Arbeitsaufwand Summe (Workload) 120    

Modul-Verantwortliche/r

Sebastian Böcker

Voraussetzung für die Vergabe von Leistungspunkten (Prüfungsform)

Erfolgreiche Bearbeitung der in der Übung zu realisierenden Programmieraufgaben.
Die Prüfung kann nur durch Wiederholen des ganzen Moduls wiederholt werden.

Zusätzliche Informationen zum Modul

Häufigkeit des Angebots (Zyklus): idR jedes Jahr (ab Wintersemester)

Voraussetzung für die Zulassung zum Modul

Keine

Empfohlene bzw. erwartete Vorkenntnisse

Grundlegende Programmierkenntnisse,
empfohlen: FMI-BI0048 Skriptsprachen und ihre Anwendungen

Art des Moduls (Pflicht-, Wahlpflicht- oder Wahlmodul)

- 079 B.Sc. Informatik: Wahlpflichtmodul (ASQ)
- 079 M.Sc. Informatik (PO-V. 2016): Wahlpflichtmodul (ASQ)
- 105 B.Sc. Mathematik: Wahlpflichtmodul (ASQ)
- 105 M.Sc. Mathematik (PO-V. 2010): Wahlpflichtmodul (ASQ)
- 221 B.Sc. Bioinformatik: Wahlpflichtmodul (Konto C)
- 221 M.Sc. Bioinformatik: Wahlpflichtmodul (ASQ)
- 276 B.Sc. Wirtschaftsmathematik: Wahlpflichtmodul (ASQ)
- 276 M.Sc. Wirtschaftsmathematik (PO-V. 2010): Wahlpflichtmodul (ASQ)
- 679 B.Sc. Angewandte Informatik: Wahlpflichtmodul (ASQ)

Zusammensetzung des Moduls / Lehrformen (V, Ü, S, Praktikum, …)

4 SWS Vorlesung/Praktikum

Inhalte

Skriptsprachen erlauben die Entwicklung von Anwendungen bei denen nicht die Performance im Vordergrund steht, sondern die schnelle Umsetzung der Aufgabe sowie die einfache Erlernbarkeit der Programmiersprache. Python hat sich als bevorzugte Skriptsprache für wissenschaftliche Anwendungen etabliert.
Bei dieser Veranstaltung handelt es sich um eine Kombination aus Vorlesung und Praktikum. Es werden die Grundlagen der Programmierung mit Python gelehrt. Im Vordergrund steht dabei die Verarbeitung wissenschaftlicher Daten mit Python: Es wird gezeigt wie man Daten aus Datenbanken herunterlädt, einliest, verarbeitet, statistisch auswertet und visualisiert. Skriptsprachen ermöglichen eine interaktive Arbeitsweise: Während des Programmierens erhält der Entwickler stetig Rückmeldung über den Inhalt seiner Daten und die Zwischenergebnisse von Verarbeitungsschritten. Diese interaktive Arbeitsweise, die sich von der Programmierung mit Hochsprachen unterscheidet, soll ebenfalls Thema der Vorlesung sein und im Praktikum anhand von Übungsaufgaben erprobt werden.

Lern- und Qualifikationsziele

• Die Studierenden sollen am Beispiel der Skriptsprache Python den Umgang mit Skriptsprachen erlernen.
• Es soll der Umgang mit bioinformatischen Bibliotheken (z.B. BioPython, Rdkit), das Einlesen und Verarbeiten grundlegender Datenformate (z.B. XML, JSON), die Interaktion mit anderen Kommandozeilenprogrammen und der Zugriff auf Web-APIs und Datenbanken über REST und SOAP erlernt werden.
• Im Vordergrund steht dabei auch das interaktive Arbeiten in einer Python-Konsole und das statistische Auswerten und Visualisieren von Daten.

Voraussetzung für die Zulassung zur Modulprüfung

Keine

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